En marzo de 2015, el recién creado GIEI nombrado por la CIDH llegó a México con el objetivo de coadyuvar en la investigación de la desaparición de los 43 normalistas de Ayotzinapa en Iguala, así como de los asesinatos y heridos de un caso que había sacudido la conciencia colectiva.
La medida cautelar No. 409 de 2014 proferida por la CIDH generó finalmente un año de permanencia en el país, dividido en dos semestres, en el que el GIEI formado por cinco integrantes, coadyuvó según el mandato en la investigación de los hechos, la atención a las víctimas y la búsqueda de los 43 estudiantes desaparecidos. El primer informe del GIEI, en septiembre 2016, que señalaba sus revelaciones sobre el caso, mostraba cómo la llamada versión del escenario del basurero de Cocula no tenía sustento en pruebas, y numerosas revelaciones sobre la actuación de diferentes corporaciones, así como la existencia de un 5° autobús y el transporte de droga por esa vía como posible explicación de hechos tan atroces.
Después, el mandato se prolongó seis meses más hasta 30 de abril de 2016. Durante el segundo periodo, el GIEI fue objeto de una fuerte campaña mediática en contra de sus integrantes, a la vez que las autoridades cuestionaban algunas de esas revelaciones, aunque se mantenía la colaboración formal. Sin embargo, la mayor parte de las peticiones del GIEI fueron retenidas, aumentó el grado de control de las acciones incluso al interior de las instituciones, y un clima de cuestionamiento y hostilidad. Llegando al extremo de ser víctimas del malware Pegasus como otros actores de la sociedad mexicana.