Tras varios años en que las consignaciones de presuntos responsables por parte de SEIDO-PGR habían sido desechadas por los jueces debido a las evidencias de torturas, la debilidad de la investigación solamente basada en declaraciones y falta de pruebas objetivas complementarias, y a pesar de que esa situación fue alertada en su momento por el GIEI en sus primeros dos mandatos, la investigación tuvo que reiniciarse de nuevo varios años después, en un nuevo gobierno y tras la creación de la nueva FGR.
Dentro de esa nueva etapa, se creó en 2019 la Unidad especial para el caso Ayotzinapa, UEILCA, con la debida especialización en el caso y la independencia necesaria que no había tenido la investigación previa y que tan nefastas consecuencias tuvo. Las investigaciones que se llevaron a cabo a partir de ahí llevaron a la nueva toma de declaraciones, la revisión de archivos de SEDENA, CISEN y SEMAR, la investigación de telefonía, entre otras. Además, se añadió en este caso la nueva prueba incorporada al expediente proveniente de las escuchas telefónicas de Chicago, que el GIEI había demandado desde la época de la PGR y, nunca llegaron durante el primer año de mandato del GIEI. Finalmente, las gestiones realizadas por el nuevo gobierno y la nueva UEILCA llevaron a que se enviasen desde EE. UU. una buena parte de esas escuchas telefónicas a la Fiscalía especial, la última en julio de 2022.